I microscopi stereo sono ramificati da altri microscopi di luce per l'applicazione della visualizzazione di oggetti "3D". Questi includono esemplari sostanziali, come insetti, piume, foglie, rocce, grani di sabbia, gemme, monete e francobolli, ecc. Funzionalmente, un microscopio stereo è come una potente lente di ingrandimento. A differenza di un microscopio composto che offre un'immagine piatta, i microscopi stereo danno allo spettatore un'immagine tridimensionale che consente di vedere la consistenza di un esemplare più grande.